崇祯四年十月二十五rì，大明朝在杨嗣昌手中，又一次扭转乾坤，可以这次他真的为大明做了一件好事，但是他对于张献忠、罗汝才等人的招降，却埋下祸根。
而此时清军三路大军第四度南侵，běi jīng震动，崇祯皇帝战、和不定，杨嗣昌力主议和；但朝中现任兵部尚书熊文灿主张坚决抵抗，遂率诸将分道出击，与清军战於庆都、真定等地。然嗣昌手握兵权，事事掣肘熊文灿，熊文灿屡战失利，最后兵败重伤。崇祯急调秦良玉部北上勤王，剿寇策略遂功亏一篑。后李自成往河南发展。这为亲义军又一次赢得生机。就此一役使得杨嗣昌与众部将士不和，也导致杨嗣昌在以后的战斗中，各部兵马的不配合，谁也不想被他从身后捅一刀子，这就是众多将士心中所想。
在京城孙承宗突然求见崇祯，此时的孙承宗来到崇祯面前，把一摞厚厚的纸张，放在崇祯面前，崇祯看完大怒，随即命孙承宗出使草原，骆养xìng带锦衣卫随行一路保护他，崇祯心里十分高兴，但是旁人却并不知道他到底为何如此。可是他不知道，孙承宗未能到达草原，就被杀而死，骆养xìng也遭到黑衣人的袭击失踪，所带的三千锦衣卫一个不剩。
在孙承宗走后不到三天，远在老家修养的周延儒被东厂抓捕，随即被崇祯以通敌罪名，下令株连九族，随着周延儒下狱的还有数十名，大明原任兵部的官员，可以这次乃是朝廷有一次血洗，对于杨嗣昌等人的上书疑问，崇祯纷纷打回奏折并未理会。倒是让朝廷文武百官十分不解。
就在孙承宗等人被杀之后，京城一个院落之中，一名黑衣人站在院落之中，这人正是在皇太极，温体仁身边出现的那人，此时一名东厂禁卫，正倒瑟瑟发抖的跪在地上。
“哼，既然连这事也办不好，留你何用？”黑衣人伸手一刀，劈在这名东厂禁卫身上，未等他出最后句话，已经倒在血泊当中。
“骆养xìng，算你命大，没想到你们既然能查到线索，要不是我发现及时，弄了一个替死鬼，想必就被你们查出真现了，可惜到了最后，你们还是功归于溃，刘明远你我的仇恨虽然不能现在还不到时候，但是必有一rì我会取你项上人头，已结我心中仇恨。”黑衣人完，用死者擦了擦刀上血迹转身离开，自然有人为他掩藏尸体处理后事。
崇祯四年十一月二十rì，未能得到孙承宗等人的回报，崇祯已经十分着急，在之后一个月连续派出四队密使赶往草原，但是中途都遭到黑衣人的截杀，这当然不可能让崇祯知道，但是从可见这幕后黑手，对于崇祯的一举一动真是相当了解。
又是一个新年带来，崇祯已经没有当初那么激动了，对于自己连连派出的人，都没有回信，崇祯已经猜测其中必有变故，而对于清军的虎视眈眈，秦良玉等人被围大凌河卫，崇祯下令命孙元化奉命派兵赴援。孙元化抚登时，辽人避战乱居山东者十万余人，孙认为辽人可用，重用一批辽将，今要赴援辽省，急令孔有德以八百骑赶赴前线增援。然登州辽东兵与山东兵素不和，孔有德抵达吴桥时，因遇大雨chūn雪，部队给养不足，士兵抢劫哗变。孔有德受毛文龙旧部李九成之子李应元的煽动，在吴桥发动叛变，史称“吴桥兵变”。
后孔有德倒戈杀回山东半岛，连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州。孙元化急令张焘率辽兵守登州城外，与总兵官张可大发兵抗击，两路成合击之势。然张焘与孔有德旧职，张焘的兵卒随即投入孔有德行列，而张可大部大败。与孔有德是旧交的登州中军耿仲明、陈光福等，举火开门响应。
崇祯五年一月登州失陷。总兵张可大自杀，孙元化战败自刎未遂，为叛军所俘。囹圄中的孙元化对孔有德等叛将晓以利害，明以大义，孔有德回心转意，请求招安。朝廷也同意孙元化带罪招抚，但巡按王道纯藏匿了诏书，叛军长时间求招安不得，复乱。孙元化又服叛军，让他回朝陈明真相。孙元化返京之际，王道纯袭击叛军，致使叛军复杂，攻陷莱州，乱事扩大。兵变发生后，朝中多言孙元化已反，三月孙元化、余大成等人被逮至京师镇抚司，为政敌余应桂、李梦辰、路振飞所陷害，狱中曾遭严刑，至此，孙元化有口难辩，被崇祯以祸乱之首判处死罪。首辅杨嗣昌yù免元化死罪，求救于徐光启，终无法挽回。最后余大成、宋光兰、王征等遣戍充军。
崇祯五年五月二十八rì，清军停战，这倒是让崇祯觉得孙元化必与清军有所联系，也下定决心处死孙元化等人。
崇祯五年七月二十三rì，孙元化与张焘同被处死。孙元化在běi jīng西市斩首，年仅五十一岁。他的冤死一事，被其子孙和斗写进了《国恤家冤录》一书。遗体被儿子和部下迎葬于嘉定南门外的荒圩中，坟前立有一方石碑，上书“佥都御史孙元化墓”。汤若望曾在孙元化死前乔装成送炭工人入狱探望，为其最后告解。
孙元化是天主教徒，圣名依纳爵，一生重视西方科学，为西洋火炮专家，孙元化之死，代表西方军事专家派淡出明朝军队。他有三个儿子：孙和鼎、孙和斗、孙和京。孙和斗，屡次谢绝父亲部属的举荐，不愿为官，潜心整理父亲的文稿，编成《水一方人集》。
孔有德在此次当中带兵逃跑，之后不久投靠清军，受封恭顺王，出征朝鲜，锦州，松山等地，为皇太极重用，同他一起投降数人，也在清朝为官，为皇太极打下大片疆土，是关宁防线再一次成为清军之地，秦良玉等部只好退到山海关与清军对持。
就在清军与大明对持的时候，李自成到河南发展，星星之火尚可燎原，何况现在大明已经处于内忧外患之际，李自成到了河南，收拢大部分平民百姓，此时可以大明遍地民不聊生，各处烽烟四起，想要收拢兵力却是不难。李自成在河南开始注重训练兵勇，以待来rì在于清军交战。